- XVI Sympozjum Naukowe: Starożytny Bliski Wschód i jego dziedzictwo. Przemysław Dec in memoriam, organizacja: Instytut Judaistyki UJ we współpracy z Wydziałem Historii UW oraz Instytutem Historii KUL, przy wsparciu finansowym Fundacji Alef dla Rozwoju Studiów Żydowskich (Kraków, 21-22 IX 2023)
- VIII Ogólnopolska Konferencja Naukowa Polskiego Towarzystwa Studiów Żydowskich: Żydzi i judaizm we współczesnych badaniach polskich (Kraków, 28–30 IX 2022)
- XV Sympozjum Naukowe: Starożytny Bliski Wschód i jego dziedzictwo, organizacja: Instytut Historyczny Uniwersytetu Szczecińskiego we współpracy z Instytutem Judaistyki UJ, Wydziałem Historii UW oraz Instytutem Historii KUL (Szczecin, 22-23 IX 2022)
- Żydzi polscy w oczach historyków – nowe perspektywy. Konferencja naukowa w 100. rocznicę urodzin prof. Józefa A. Gierowskiego i 10-lecie Instytutu Judaistyki UJ (online, 22-23 XI 2022)
- International Workshop: In Search of Ancient Gaugamela, organizatorzy: Instytut Judaistyki UJ we współpracy z Uniwersytetem w Udine (Włochy), wydarzenie sfinansowane w ramach grantu NCN “Lokalizacja Bitwy pod Gaugamelą w świetle badan multidyscplinarnych” (no. 2017/26/M/HS3/00750) (Kraków, 17-18 II 2022)
- XIV Sympozjum Naukowe: Starożytny Bliski Wschód i jego dziedzictwo, organizacja: Wydział Historii UW we współpracy z Instytutem Judaistyki UJ i Instytutem Historii KUL (Warszawa, 23-24 IX 2021)
- Konferencja Kobieta żydowska. Nowe badania i perspektywy badawcze, współorganizowana m.in. z PTSŻ (online, 26-28 IV 2021)
- Symposium on Swedish Synagogue Architecture (1795-1870) and the Cultural Milieu of the Early Jewish Immigrants to Sweden, współorganizowane z Lund University, University of Potsdam (online, 19 IV 2021)
- 30 Years of the Renewal of Polish-Israeli Relations, współorganizowana z Instytutem Polskim w Tel Awiwie (online, 27 X 2020)
- Jews in Galicia, 2nd International Conference, Kraków, współorganizowana z Żydowskim Muzeum Galicja. (Kraków, 10-12 IX 2019)
- Wieś w literaturze jidysz. Seminarium Polskiego Towarzystwa Studiów Jidyszystycznych przy współpracy Instytutu Judaistyki (Kraków, 18 XI 2018).
- Jewish Regions in the Early Modern Central and Eastern Europe, współorganizowana z Niemieckim Instytutem Historycznym (Warszawa, 6-7 XI 2018)
- VII Ogólnopolska Konferencja Naukowa Polskiego Towarzystwa Studiów Żydowskich współorganizowana z Instytutem Judaistyki (Kraków, 26-28 IX 2018)
- The XIth Congress of European Association of Jewish Studies (Kraków, 15-19 VII 2018)
- The 6th Polish - Israeli Young Scholars Workshop on the History and Culture of Polish Jews, Zichron Jakow (Izrael), czerwiec 2018.
- Social and Political Dynamics in Israel. Jewish State 70 Years after the Declaration of Independence, organizowana przez Instytut Judaistyki, Instytut Bliskiego i Dalekiego Wschodu oraz European Association for Israel Studies (Kraków, 7-9 V 2018)
- 2nd Polish-Ukrainian Workshops For Young Scholars: History And Heritage Of The Eastern-European Jewry With A Focus On Galicia (12-14 XII 2017)
- Jewish Studies and Jewish Theology, 2nd Polish-German Conference for Young Scholars in Jewish History, Religion and Culture, Jagiellonian University in Kraków, (8-12 XI 2017)
- Analysing Jewish Europe Today: Perspectives from a New Generation, współorganizowana m.in. z Muzeum Żydów Polskich POLIN (23-25 X 2017)
- R. Kalonymos Shapira: New Directions in Sholarship, współorganizowana m.in. z Muzeum Historii Żydów Polskich POLIN (Warszawa, 26-29 VI 2017)
- Międzynarodowa konferencja naukowa Żydzi w Galicji / Jews in Galicia (Boguchwała–Rzeszów 8–9 VI 2017)
- III Ogólnopolska Studencko-Doktorancka Krakowska Konferencja Judaistyczna Żydzi polscy na przestrzeni wieków (Kraków, 24-25 IV 2017)
- Polsko-Ukraińskie Warsztaty Dla Młodych Naukowców: Problemy Metodologiczne Studiów Żydowskich, we współpracy z Ukraińskim Uniwersytetem Katolickim, (11-13 XII 2016)
- Znani, nieznani. Krakowscy Żydzi na przestrzeni wieków (Kraków, 6-7 XII 2016).
- Żydzi polscy w oczach historyków. Konferencja dedykowana pamięci prof. J. A. Gierowskiego w 10. rocznicę Jego śmierci (Kraków, 23-24 XI 2016)
- XI Sympozjum naukowe: Starożytny Bliski Wschód i jego dziedzictwo: Obcy w kulturach starożytnego Bliskiego Wschodu, współorganizowane m.in. z KUL (Lublin, 29-30 IX 2016)
- Zagłada w Europie Środkowo-Wschodniej: nowe źródła, nowe interpretacje, seminarium współorganizowane z Polskim Towarzystwem Studiów Żydowskich i Polskim Towarzystwem Studiów Jidyszystycznych (Kraków, 26 IX 2016)
- The 5th Polish - Israeli Young Scholars Workshop on the History and Culture of Polish Jews, POLIN Museum (27-29 VI 2016)
- X Sympozjum naukowe: Starożytny Bliski Wschód i jego dziedzictwo (28-29 IX 2015)
- Żydowskie bractwa, stowarzyszenia, cechy i związki działające na terenie Krakowa na przestrzeni wieków (27-28 X 2014)
- Żydzi krakowscy 1795-1918. Historia – kultura – dziedzictwo i źródła (26-27 XI 2013)
- Jehoshua Ozjasz Thon (1870-1936) - His Life, Thought and Activities (3-4 X 2012)
-
„200 lat Nowego Cmentarza Żydowskiego w Krakowie" (26 X 2004 r.)
-
„700 Years of Jewish Presence in Cracow" (26-28 IX 2005 r.)
-
„Dzieje kultury jidysz w krajach komunistycznych po II wojnie światowej" (6-9 XI 2006 r.)
-
„Żydzi szczekocińscy. Osoby, miejsca, pamięć" (Szczekociny, 23 IX 2007 r.)
-
międzynarodowe IV Sympozjum Naukowe "Życie codzienne i obyczaje w starożytnym Izraelu" (16-17 IX 2009 r.)
-
„Perspektywy rozwoju języka jidysz w Polsce" (Śródborów, 6-8 XI 2009 r.)
-
"Roots & Routes – Tożsamość diaspory. Korzenie i drogi" (23-24 IV 2010 r.)
-
„Synagoga Tempel oraz środowisko krakowskich Żydów postępowych. Sesja zorganizowana z okazji stulecia śmierci Szymona Dankowicza (1834-1910)" (10 V 2010 r.)
-
warsztaty dla młodych naukowców z Polski i Izraela dotyczące kultury Żydów polskich (2-7 VII 2010 r.)
-
sympozjum „Antysemityzm, Holokaust i Auschwitz w badaniach społecznych" (9 IX 2010 r.)
-
„Studia żydowskie na Uniwersytecie Jagiellońskim i w innych instytucjach naukowych w Polsce. Przeszłość, stan obecny i perspektywy" (7-8 XI 2011 r.).
-
„Autonomia Żydów w Rzeczypospolitej szlacheckiej" (Kraków, 22-26 IX 1986)
-
„Bibliografia polskich judaików" (5-7 VII 1988)
-
„Żydzi polscy do roku 1939 w historiografii polskiej i światowej – stan badań i potrzeby" (10-13 IX 1990)
-
„Future of Auschwitz" (6-9 IV 1992)
-
„Prof. Mojżesz Schorr" (16 XI 1993)
-
„Wymiary obecności żydowskiej Kazimierz – Polska – Europa (z problemów pluralizmu)" (25-26 XI 1993)
-
„Żydzi i judaizm we współczesnych badaniach w Polsce" Konferencja Polskiego Towarzystwa Studiów Żydowskich, współorganizowana przez MZHiKŻP (I edycja, 21-23 XI 1995 r.)
-
„Profesor Chone Shmeruk. Człowiek i dzieło" (2 IV 1998 r.)
-
„Ashkenaz: Theory and Nation" (26-29 V 1998 r.)
-
„The Protection of Religious Minorities: Religious Freedom and Human Rights in Post-Communist Europe" ( 1998 r.)
-
„Żydzi i judaizm we współczesnych badaniach w Polsce" Konferencja Polskiego Towarzystwa Studiów Żydowskich, współorganizowana przez MZHiKŻP (II edycja, 24-26 XI 1998)
-
„Jewish Spirituality in Poland – The Conference in Memory of Professor Chone Shmeruk" (26-28 IV 1999 r.)