P. Muchowski, M. Tomal, A. Sulimowicz, R. Witkowski, A. Yariv, Dokumenty historii karaimów polsko-litewskich. Edycja krytyczna wybranych rękopisów w językach hebrajskim, łacińskim i polskim, Katedra Studiów Azjatyckich UAM, Wyższa Szkoła Filologii Hebrajskiej w Toruniu, Poznań 2017.

P. Muchowski, M. Tomal, A. Sulimowicz,  R. Witkowski, A. Yariv, The History of the Polish-Lithuanian Karaites in documents. A critical edition of selectes manuscripts in Hebrew, Latin and Polish, Editions Suger Press. Revue Européenne des Etudes Hébraïques, Paris 2017

P. Muchowski, M. Tomal, Register of the Karaite wójt from Troki. A Critical edition of the Heb. 4º 834 manuscript from the collection of the National Library of Israel, Editions Suger Press. Revue Européenne des Etudes Hébraïques, Paris 2017.

P. Muchowski, M. Tomal, Court and financial registers of the Karaite communities of Troki and Nowe Miasto from 1713 to 1806. A critical edition of the Heb. 4º 1094 manuscript from the collection of the National Library of Israel, Editions Suger Press. Revue Européenne des Etudes Hébraïques, Paris 2017.

P. Muchowski Piotr, M.Tomal, Resolutions and community documents of the Polish-Lithuanian Karaites from 1553-1830. Critical edition, Editions Suger Press. Revue Européenne des Etudes Hébraïques, Paris 2017.

E. Węgrzyn, Słownik hebrajsko-angielsko-polski / Hebrew-English-Polish Dictionary, Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego, Kraków 2017

P. Dec, Zwój Hymnów Dziękczynnych z Qumran (1QHodajota). Rekonstrukcja – przekład – komentarz, Kraków 2017, p. 248

Teofila Mahler, Walka między ortodoksją a postępowcami w Krakowie w latach 1843–1868 (Komitet Starozakonnych a Wydział dla Spraw Żydowskich), opracowanie, wstęp i posłowie Alicja Maślak-Maciejewska, Wydawnictwo Austeria, Kraków-Budapeszt 2017

P. Muchowski, M. Tomal, Rejestr karaimskiego wójta z Trok. Edycja krytyczna rękopisu Heb. 4°834 ze zbiorów Narodowej Biblioteki Izraela, Katedra Studiów Azjatyckich UAM, Wyższa Szkoła Filologii Hebrajskiej w Toruniu, Poznań 2016.

P. Muchowski, M. Tomal, Uchwały i dokumenty gminne karaimów polsko-litewskich z lat 1530-1830. Edycja krytyczna, Katedra Studiów Azjatyckich UAM, Wyższa Szkoła Filologii Hebrajskiej w Toruniu, Poznań 2016.P. Muchowski, M. Tomal, Rejestry sądowe i finansowe gmin karaimskich z Trok i Nowego Miasta z lat 1713-1806. Edycja krytyczna rękopisu Heb. 4°1094 ze zbiorów Narodowej Biblioteki Izraela, Katedra Studiów Azjatyckich UAM, Wyższa Szkoła Filologii Hebrajskiej w Toruniu, Poznań 2016.

Monumenta et memoria. Cmentarz żydowski w Łodzi, red, I. Gadowska, L. Hońdo, Wydawnictwo Hamal Andrzej Majcherek, Łódź 2016

M. Galas, Rabbi Marcus Jastrow and His Vision for the Reform of Judaism. A Study in the History of Judaism in the Nineteenth Century, transl. A. Tilles, Boston: Academic Studies Press, 2013.

Synagoga Tempel i środowisko krakowskich Żydów postępowych, red. M. Galas, Kraków-Budapeszt: Wydawnictwo Austeria, 2012.

L. Hońdo, D. Rozmus, S. Witkowski, Cmentarz żydowski w Jaworznie, Kraków: Księgarnia Akademicka, 2012.

A. Jakimyszyn, Mykwa. Dzieje żydowskiej łaźni rytualnej przy ul. Szerokiej w Krakowie, Kraków-Budapeszt: Austeria, 2012.

M. Ruta, Bez Żydów? Literatura jidysz w PRL o Zagładzie, Polsce i komunizmie, Kraków-Budapeszt: Austeria, 2012.

Nisht oyf di taykhn fun Bovl. Antologye fun der yidisher poezye in nokhmilkhomedikn Poyln / Nie nad rzekami Babilonu. Antologia poezji jidysz w powojennej Polsce, przekład, redakcja oraz słowo wstępne M. Ruta, Kraków: Księgarnia Akademicka, 2012 (w jidysz, po polsku i angielsku).

Literackie spotkania. Na styku kultur polskiej i żydowskiej, t. 1: Chaim Nachman Bialik, Pieśni, przeł. S. Dykman, red. M. Tomal, M. Zawanowska, Kraków-Budapeszt: Austeria, 2012 (edycja krytyczna, przejrzana i rozszerzona).

Jews in Kraków, Polin - Studies in Polish Jewry, vol. 23, edited by Michał Galas and Antony Polonsky, Littman Library of Jewish Civilization, Oxford - Portland OR 2011, ss. 584.

Scripta Biblica et Orientalia 3 (2011). Czasopismo wydawane i współredagowane przez KUL (Instytut Historii), UAM (Katedra Studiów Azjatyckich), UW (Instytut Historyczny) i UJ (Katedra Judaistyki).

Polin. Studies in Polish Jewry, t. 23: Jews in Kraków, red. M. Galas, A. Polonsky, Oxford-Portland OR: Littman Library of Jewish Civilization, 2011.

Kobiety wobec Holokaustu. Historia znacznie później opowiedziana, red. E. Gawron, Oświęcim: Fundacja na Rzecz MDSM, 2011.

L. Hońdo, Dom przedpogrzebowy przy Żydowskim Nowym Cmentarzu w Krakowie, Kraków: Wydawnictwo Universitas, 2011.

A. Kaźmierczyk, Sejm Czterech Ziem. Źródła, Warszawa: Wydawnictwo Sejmowe, 2011.

Studia Biblica et Orientalia 1 (2009). Czasopismo wydawane i współredagowane przez KUL (Instytut Historii), UAM (Katedra Studiów Azjatyckich), UW (Instytut Historyczny) i UJ (Katedra Judaistyki).

J. Krupa, Żydzi w Rzeczypospolitej w czasach Augusta II (1697-1733), Kraków 2009.

Żydzi szczekocińscy: osoby, miejsca, pamięć, (red. M. Galas i M. Skrzypczyk, wyd. Austeria); Materiały z sesji popularnonaukowej „Żydzi szczekocińscy. Osoby, miejsca, pamięć" zorganizowanej 23 września 2007 roku przez Zespół Szkół w Szczekocinach i Katedrę Judaistyki UJ, Kraków-Budapeszt 2008.

J. Gierowski, Na szlakach Rzeczypospolitej w nowożytnej Europie, (red. A.K. Link-Lenczowski, wyd. Księgarnia Akademicka [3] s., [1] k. tabl.; Publikacja jest zbiorem najważniejszych artykułów Prof. Józefa A. Gierowskiego, Kraków 2008.

Under the red banner: Yiddish culture in the communist countries in the postwar era, (ed. E. Grözinger, M. Ruta (ed. Harrassowitz Verlag) (Jüdische Kultur: Studien zur Geistesgeschichte, Religion und Literatur, hrsg. von K.E. Grözinger; Bd 20), Wiesbaden 2008.

S. Gąsiorowski, Karaimi w Koronie i na Litwie w XV-XVIII wieku, (wyd. Austeria) Kraków-Budapeszt, 2008.

A. Jakimyszyn, Żydzi krakowscy w dobie Rzeczypospolitej Krakowskiej: status prawny, przeobrażenia Gminy, system edukacyjny, (wyd. Austeria), Kraków-Budapeszt 2008.

M. Tomal, Język hebrajski biblijny, (wyd. 2 popr.), Warszawa, 2008.

M. Tomal, Studies in Neo-Aramaic Tenses, (wyd. Austeria) Kraków-Budapest, 2008.

Wielki słownik hebrajsko-polski i aramejsko-polski Starego Testamentu. t.1 (א-ע), t.2 (פ-ת), (ed. L. Koehler, W. Baumgartner, J.J. Stamm; red. naukowy wyd. polskiego P. Dec) Warszawa 2008.

Nusech Pojln: studia z dziejów kultury jidysz w powojennej Polsce, (red. M. Ruta), wyd. Auisteria, Kraków-Budapeszt, 2008.

Scripta Judaica Cracoviensia vol. 6.

M. Galas, Rabin Markus Jastrow i jego wizja reformy judaizmu: studium z dziejów judaizmu w XIX wieku, (wyd. Austeria) Kraków, 2007.

Uczyniłeś nas dla Twojej prawdy [4Q495]. Studia dla Dr. Zdzisława Kapery w 65. rocznicę urodzin", (red. W. Chrostowski) – współudział translatorski i autorski: P. Dec, Warszawa 2007.

Co każdy powinien wiedzieć o judaizmie? Praca zbiorowa, (tłum. M. Ruta) Kraków 2007.

Scripta Judaica Cracoviensia vol. 5.

Światło i słońce: studia z dziejów chasydyzmu, red. M. Galas, wyd. Austeria, Kraków 2006.

Żydzi lelowscy: obecność i ślady, red. M. Galas, M. Skrzypczyk, wyd. Austeria, Kraków 2006.

L. Hońdo, Nowy cmentarz żydowski w Krakowie: przewodnik, cz. 1, (Księgarnia Akademicka) Kraków 2006, w: (Studia Judaica Cracoviensia. Series Fontium, Quaestiones de Coemeteriis; 2).

Scripta Judaica Cracoviensia vol. 4.

Rzeczpospolita wielu wyznań: materiały z międzynarodowej konferencji, Kraków, 18-20 listopada 2002 (red. A Kaźmierczyk et al.) Uniwersytet Jagielloński - Instytut Historii. Katedra Judaistyki i Uniwersytet Wrocławski - Instytut Historii, (wyd. Księgarnia Akademicka) Kraków, 2004.

Scripta Judaica Cracoviensia vol. 2.

J. Burg, Okruchy, (wybór, przekł. i oprac. M. Ruta; wyd Pogranicze) Sejny 2001.

S. Gąsiorowski, Chrześcijanie i Żydzi w Żółkwi w XVII i XVIII wieku, wyd. PAU, 2001, [13] s. tabl. (gł. kolor.): il.; 24 cm – (Prace Komisji Historii i Kultury Żydów / Polska Akademia Umiejętności; 4) Kraków 2001.

Żydzi polscy 1648-1772: źródła (oprac. i wstęp A. Kaźmierczyk) Uniwersytet Jagielloński - Katedra Judaistyki,(Studia Judaica Cracoviensia. Series Fontium; 6) Kraków 2001.

L. Hońdo, Żydowski cmentarz w Tarnowie, (wyd. UJ; Studia Judaica Cracoviensia. Series Fontium; 7) Kraków 2001

E. Gawron, Vlotsheve: Żydzi we Włoszczowie w latach 1867-1942, (wyd. Włoszczowskie Towarzystwo Krzewienia Kultury) Włoszczowa 2000.

L. Hońdo, Inskrypcje Starego Żydowskiego Cmentarza w Krakowie, cz. 1, (wyd. PAU; Prace Międzywydziałowej Komisji Historii i Kultury Żydów; 3) Kraków 2000.

Judaika wydane w Polsce: druki zwarte i niesamoistne: materiały do bibliografii 1992, (wyd. UJ; oprac. A. Lorenz; red. K. Pilarczyk; mater. do bibliogr. zebrał zespół: R. Bogusz et al.; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce, Studia Polono-Judaica. Series Bibliographica 7) Kraków 2000.

Judaika wydane w Polsce: druki zwarte i niesamoistne: materiały do bibliografii 1995-1996 (oprac. W. Frazik; materiały do bibliogr. red. W. Frazik, K. Frazik, M. Ruta) Uniwersytet Jagielloński; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce (Studia Polono-Judaica. Series Bibliographica 8) Kraków 2000.

L. Hońdo, Stary żydowski cmentarz w Krakowie: historia cmentarza, analiza hebrajskich inskrypcji wyd. UJ (Rozprawy Habilitacyjne UJ nr 340) Kraków 1999.

Judaika wydane w Polsce: druki zwarte i niesamoistne: materiały do bibliografii 1993, (oprac. M. Ruta; materiały do bibliogr.: K. Kopff-Muszyńska, B. Ordyk, M. Ruta; red. K. Pilarczyk; wyd. UJ; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce; Studia Polono-Judaica. Series Bibliographica) Kraków 1999.

B. Czajecka, M. Gędek, Stowarzyszenie Humanitarne "Schlaraffia" w Krakowie (1909-1938): zarys dziejów Stowarzyszenia, historia zespołu i inwentarz, Kraków: Archiwum Państwowe: "Księgarnia Akademicka" (Studia Polono-Judaica. Series Fontinum) Kraków 1996.

Cmentarz żydowski w Pilicy: rys historyczny i materiały inwentaryzacyjne, (oprac. L. Hońdo, D. Rozmus, A. Witek; red. L. Hońdo; wyd. UJ; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce, 1995. - 31, [2], 328, VIII s., [3] k. pl.: il.; 24 cm - Studia Polono-Judaica. Series Fontium) Kraków 1995.

Judaika wydane w Polsce: druki zwarte i niesamoistne: materiały do bibliografii 1991 (red. J. Ambrosewicz-Jacobs, K. Pilarczyk; mater. do bibliogr.: J. Ambrosewicz-Jacobs et al.; wyd. UJ; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce, 1995. - 255, [1] s.; 24 cm – Studia Polono-Judaica. Series Bibliographica) Kraków 1995.

Teatr żydowski w Krakowie: studia i materiały (red. J. Michalik, E. Prokop-Janiec, wyd. UJ, Kraków 1995. (Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce, (Studia Polono-Judaica. Series Fontium) Kraków 1995.

Materiały źródłowe do dziejów Żydów w księgach grodzkich dawnego województwa krakowskiego z lat 1674-1696 (oprac. A. Kaźmierczyk) t.1: lata 1674-1683, (wyd. Towarzystwo Autorów i Wydawców Prac Naukowych "Universitas"; Studia Polono-Judaica. Series Fontium) Kraków 1995.

Judaika polskie z XVI-XVIII wieku: materiały do bibliografii, cz. 1, Druki w językach nie-żydowskich (oprac. K. Pilarczyk; współudz. M. Ruta; wyd. UJ; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce: Księgarnia Akademicka - Studia Polono-Judaica. Series Bibliographica, 4/1) Kraków 1995.

Annemarie Ohler, Macierzyństwo w Biblii, (tłum.M. Ruta; wyd. WAM) Kraków 1995.

A. Kaźmierczyk, Sejmy i sejmiki szlacheckie wobec Żydów w drugiej połowie XVII wieku, (Wydawnictwo Sejmowe) Warszawa, 1994.

Archiwum Związku Żydowskich Stowarzyszeń Humanitarnych "B'nei B'rith" w Krakowie (1892-1938): zarys dziejów związku, historia zespołu i inwentarz, (oprac. B. Czajecka; wyd. UJ; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce, 149, [1] s., [6] k. tabl.: 2 mapy; 24 cm – (Studia Polono-Judaica. Series Fontium) Kraków 1994.

Judaika wydane w Polsce: druki zwarte i niesamoistne: materiały do bibliografii 1990, (red. M. Galas, K. Pilarczyk; materiały do bibliogr.: J. Ambrosewicz-Jacobs et al.; wyd. UJ; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce; Studia Polono-Judaica. Series Bibliographica; 2) Kraków 1993.

K. Pilarczyk, Przewodnik po bibliografiach polskich judaików, (wyd. UJ; Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce; Studia Polono-Judaica. Series Bibliographica; 1) Kraków 1992.

Żydzi w dawnej Rzeczypospolitej: materiały z konferencji "Autonomia Żydów w Rzeczypospolitej Szlacheckiej" Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce Uniwersytet Jagielloński 22-26 IX 1986 (red. A.K. Link-Lenczowski, T. Zakład Narodowy im. Ossolińskich] Wrocław 1991.