Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce został powołany do życia 1 października 1986 roku uchwałą Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jego działalność zainaugurowała międzynarodowa konferencja „Autonomia Żydów w Rzeczypospolitej szlacheckiej", która odbyła się we wrześniu 1986 roku i była pierwszym po II wojnie światowej tak licznym spotkaniem naukowców z Francji, Izraela, Polski, Stanów Zjednoczonych Ameryki Północnej i Wielkiej Brytanii. Cel istnienia tej nowej placówki uniwersyteckiej określił w przemówieniu inauguracyjnym ówczesny rektor i późniejszy jej wieloletni kierownik, prof. dr Józef Andrzej Gierowski. Stwierdził on, że "wokół dziejów ludności żydowskiej w Polsce narosło wiele uprzedzeń i niejasności wynikających choćby z powodu niedostatecznego stanu badań nad tą tematyką. Dlatego też nastał czas rzetelnego badania przeszłości społeczności żydowskiej w celu kreślenia dziejów wzajemnego oddziaływania bez uprzedzeń i emocji".

W ramach struktury Międzywydziałowego Zakładu Historii i Kultury Żydów w Polsce funkcjonowały trzy pracownie: Bibliografii i Nauki o Książce Żydowskiej, Dokumentacyjnej i Socjologiczno- Etnograficznej. Ich celem było opracowanie bibliografii polskich judaików, kwerendy dotyczące problematyki żydowskiej w polskich archiwach oraz zbieranie wspomnień i relacji o Żydach zamieszkujących Polskę. Zakład zajmował się inwentaryzacją i publikowaniem źródeł do historii i kultury Żydów w Polsce, organizowaniem i prowadzeniem interdyscyplinarnych badań naukowych dotyczących historii i kultury Żydów, opracowywaniem i publikowaniem retrospektywnej i bieżącej bibliografii polskich publikacji poświęconych problematyce żydowskiej oraz kształceniem kadr przygotowanych do rozwijania studiów żydowskich działania na rzecz dialogu polsko-żydowskiego.

W okresie swego istnienia liczba pracowników Zakładu systematycznie się powiększała. Prowadzili oni szeroką działalność naukową, a wyniki swych prac publikowali m.in. w serii wydawnictw własnych Studia Polono-Judaica, podzielonej na trzy podserie: Series Bibliographica, Series Fontium, Series Librorum Congressus. Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce był również organizatorem lub współorganizatorem wielu konferencji krajowych i międzynarodowych.   

Od początku swego istnienia Zakład mieścił się w budynku przy ul. Stefana Batorego 12. Tam też gromadzony był księgozbiór Zakładu obejmujący głównie dzieła z zakresu historii Żydów w Polsce (od XIV wieku do 1939 r.) oraz opracowania dotyczące kultury Żydów polskich.

Pod koniec lat 90. XX wieku władze Uniwersytetu Jagiellońskiego podjęły program szeroko zakrojonej reorganizacji struktur uczelni. Wśród jednostek dotkniętych skutkami tej reorganizacji znalazł się Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce. Wobec oczekiwań władz uczelni ówczesne kierownictwo Zakładu podjęło współpracę dydaktyczną z Instytutem Historii UJ. Jej owocem było opracowanie wspólnego, pierwszego w polskich uczelniach, programu studiów judaistycznych; jego realizację rozpoczęto w roku akademickim 1998/99. Nowe studia nosiły nazwę: historia i kultura Żydów i miały formę studiów niestacjonarnych I stopnia (licencjat).

Postępujący proces likwidowania jednostek międzywydziałowych spowodował, że na porządku dziennym stanęła zarówno kwestia nowego kształtu Zakładu, jak i jego afiliacji do któregoś z wydziałów. Zainteresowania badawcze pracowników przesądziły o tym, że opowiedzieli się oni za przynależnością do Wydziału Historycznego. Zgoda władz Wydziału na powiększenie go o nową jednostkę organizacyjną uruchomiła działania i decyzje, które taką integrację umożliwiły, a zarazem stwarzały perspektywy dalszego jej rozwoju. Perspektywy tego rozwoju określiła uchwała Senatu Uniwersytetu Jagiellońskiego podjęta na posiedzeniu w październiku 2000 roku na mocy której, z dniem 1 listopada 2000 roku Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce miał zostać przekształcony w Katedrę Judaistyki. W następstwie tej uchwały ówczesny Rektor UJ, prof. dr hab. Franciszek Ziejka, zadanie kierowania Katedrą powierzył prof. dr hab. Edwardowi Dąbrowie.

W chwili powołania do życia Katedry w jej skład wchodziły dwa Zakłady: Zakład Historii Żydów, na którego kierownika powołany został dr hab. Adam Kaźmierczyk i Zakład Kultury Żydów, kierownikiem którego został dr hab. Leszek Hońdo. W 2011 roku liczba zakładów wzrosła do trzech, w wyniku powstania Zakładu Historii Judaizmu i Literatur Żydowskich, kierowanego przez dr hab. Michała Galasa.

Jak wspomniano, jednym z powodów powołania do życia Katedry Judaistyki oprócz kontynuacji i rozwinięcia rozpoczętych w 1998/99 studiów niestacjonarnych I stopnia (licencjackich) na kierunku historia o specjalności historia i kultura Żydów w studia dwustopniowe (magisterskie), było również opracowanie i wdrożenie programu jednolitych 5-letnich magisterskich studiów stacjonarnych na kierunku historia,  specjalność judaistyka, uruchomionych w roku akademickim 2001/2002. Oba programy studiów stacjonarnych i niestacjonarnych realizowane były równolegle do roku akademickiego 2007/2008, kiedy nastąpiła zmiana organizacji studiów stacjonarnych. Miejsce 5-letnich jednolitych stacjonarnych studiów magisterskich zajęły wówczas studia stacjonarne I i II stopnia. Z racji coraz mniejszego zainteresowania studiami niestacjonarnymi w roku akademickim 2008/2009 zostały one zlikwidowane. W 2010 zostały podjęte w Katedrze działania zmierzające do utworzenia studiów unikatowych na kierunku judaistyka. Ważnym elementem tych działań było przygotowanie całkiem nowego programu nauczania, którego podstawą stały się treści judaistyczne. Wniosek o utworzenie w Katedrze Judaistyki unikatowego kierunku o nazwie judaistyka został poparty uchwałą Rady Wydziału Historycznego w dniu 19 listopada 2010 roku i skierowany do decyzji Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego. Gremium to uchwałą z dnia 10 lipca 2011 roku wyraziło zgodę na uruchomienie w roku akademickim 2012/2013 unikatowych stacjonarnych studiów I i II stopnia na kierunku judaistyka, pierwszych tego rodzaju studiów na polskich uczelniach. Przepisy uchwalonej w 2011 roku ustawy o szkolnictwie wyższym uniemożliwiły jednak ich powstanie, gdyż wprowadzając Krajowe Ramy Kwalifikacyjne jako podstawę organizacji studiów wyższych zlikwidowały równocześnie kategorię studiów unikatowych. Celem sprostania nowym przepisom i wymaganiom przygotowany już program studiów uległ niezbędnym korektom i uzupełnieniom, by zgodnie z wcześniejszymi założeniami możliwe było jego wdrażanie od roku akademickiego 2012/2013.

Od chwili, kiedy studia judaistyczne zaczęły być realizowane, najpierw przez Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce, a potem Katedrę Judaistyki,  cieszą się one niezmiennie zainteresowaniem. W latach, kiedy równolegle prowadzone były studia stacjonarne i niestacjonarne, Katedra posiadała ponad 250 studentów. Z czasem liczba ta ustabilizowała się na poziomie ok. 150 studentów. Dyplomy ukończenia studiów judaistycznych I i II stopnia w Katedrze Judaistyki uzyskało w sumie kilkuset absolwentów. W roku akademickiego 2002/2003 Katedra Judaistyki została włączona do programu studiów doktoranckich prowadzonych na Wydziale Historycznym UJ. Dzięki temu Katedra włączyła się w proces kształcenia młodej kadry naukowej w zakresie judaistyki. Pod opieką naukową jej pracowników powstało i zostało obronionych do 2012 roku kilka dysertacji1. Pogłębieniu umiejętności warsztatowych i metodologicznych doktorantów polskich (nie tylko tych związanych z Katedrą, ale także z innych polskich ośrodków akademickich) i izraelskich służyły letnie warsztaty organizowane przez Katedrę Judaistyki wspólnie z Uniwersytetem w Tel Awivie. Dotychczas miały miejsce trzy ich edycje. Dwukrotnie odbyły się one w Izraelu (2008, 2012) i raz w Krakowie (2010). Od roku akad. 2009/2010 do oferty dydaktycznej Katedry Judaistyki włączone zostały studia podyplomowe z zakresu szeroko rozumianej judaistyki.

W  Katedrze Judaistyki prowadzone były badania naukowe w zakresie historii, kultury, religii, literatury i języków żydowskich. W ramach jej struktur powstało kilkadziesiąt opublikowanych książek oraz dziesiątki artykułów, zaś pracownicy Katedry wielokrotnie byli nagradzani za osiągnięcia naukowe. Uzyskali również wiele krajowych i zagranicznych grantów i stypendiów badawczych. Katedra Judaistyki była organizatorem i współorganizatorem wielu konferencji i sesji naukowych o wymiarze krajowym i międzynarodowym . Miała również swój wkład do programu Roku Polskiego we Francji (2005) i Izraelu (2009).

Celem szerszego prezentowania na forum międzynarodowym dokonań badawczych pracowników i doktorantów, a także stworzenia platformy przydatnej do prezentacji badań dotyczących przeszłości polskich Żydów przez badaczy zagranicznych od 2002 roku Katedra Judaistyki wydaje w językach kongresowych periodyk Scripta Judaica Cracoviensia, który notowany jest na liście periodyków naukowych Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Pracownicy Katedry współtworzą również inny periodyk – Scripta Biblica et Orientalia. Jest on efektem współpracy jednostek Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego Jana Pawła II, Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu i Uniwersytetu Warszawskiego. Katedra Judaistyki współpracowała z wieloma instytucjami w kraju i zagranicą, m.in. Uniwersytetem w Tel-Avivie, Uniwersytetem Hebrajskim w Jerozolimie, University College of Samaria, Muzeum Miasta Krakowa - Oddział Stara Synagoga, Żydowskim Muzeum Galicja, Państwowym Muzeum w Oświęcimiu, Żydowską Gminą Wyznaniową w Krakowie, Jewish Community Center, Polską Akademią Umiejętności, Społecznym Komitetem Odnowy Zabytków Krakowa, Towarzystwem Miłośników Historii i Zabytków Krakowa oraz Żydowskim Instytutem Historycznym w Warszawie. Pracownicy i studenci uczestniczyli także w programie Erasmus w ramach którego Katedra zawarła umowy z kilkoma partnerami.

Ważne miejsce w działaniach Katedry stanowił udział w różnego rodzaju programach i projektach edukacyjnych i popularyzatorskich adresowanych do szerokiego odbiorcy. Przejawem takiej aktywności jest trwający od 2010 roku cykl spotkań organizowanych wspólnie z Społecznym Komitetem Odnowy Zabytków Krakowa poświęconych żydowskim zabytkom Kazimierza, czy też cykle wykładów popularnych organizowanych w ramach Festiwalu Kultury Żydowskiej w Krakowie (Żydzi w Galicji (2010); Świat kobiety żydowskiej (2011)). We wszystkich tych przedsięwzięciach tych uczestniczyli nie tylko pracownicy, ale także doktoranci i studenci.

Aktywności studentów przejawiała się w dwóch postaciach: kulturalno-oświatowej i naukowo-popularyzatorskiej. Pierwszy jej nurt dominował w pierwszych latach istnienia Katedry. Związany on był z działalnością studenckiego stowarzyszenia działającego na rzecz dialogu polsko-żydowskiego; śladem jej jest kilka numerów wydawanego przez nie pisma „Anachnu". W 2001 roku powstało przy Katedrze Koło Naukowe. Jego aktywność przejawia się w organizacji sesji naukowych wspólnie ze studentami innych kierunków, w wyprawach naukowych krajowych i zagranicznych, spotkaniach z zaproszonymi gośćmi, dyskusjach nad filmami i książkami,  popularyzowaniu wiedzy judaistycznej tak na gruncie Katedry, jak i poza macierzystą jednostką, a także w  działalności badawczej członków Koła, której efekty publikowane są na łamach periodyku „Słowik". Do końca roku akademickiego 2011/2012  ukazało się 20 jego numerów.

Siedzibą Katedry Judaistyki przez szereg lat był budynek przy ul. S. Batorego 12, wcześniej zajmowany przez Międzywydziałowy Zakład Historii i Kultury Żydów w Polsce. W 2010 roku, kiedy Katedra Judaistyki otrzymała na Kazimierzu nową siedzibę w zabytkowym budynku Collegium Kazimierzowskiego przy ul. Józefa 19.

Za ważne osiągnięcie Katedry uznać należy także zgromadzenie dużego specjalistycznego księgozbioru liczącego ponad 7000 woluminów, zawierającego dzieła dotyczące wszystkich aspektów cywilizacji żydowskiej. Stanowi on solidny fundament umożliwiający dalszy rozwój badań nie tylko w zakresie historii Żydów polskich, ale wszystkich aspektów historii i kultury Żydów, od czasów starożytnych aż po dzień dzisiejszy.